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1面1線の単式ホーム、2面4線の島式ホームを有する地上駅で、橋上駅舎を持つ。三郷・法隆寺・大和小泉・郡山の4駅の管理駅。アーバンネットワークエリアに属しており、Jスルーカード・ICOCA及びPiTaPa（スルッとKANSAI協議会）利用可能駅でもある。
改札は東側の橋上部と西側の地平部にあり、西側は近鉄生駒線との連絡口も兼ねる。各ホームには中央改札と結ばれるエレベーターが設置されているが、エスカレータは設置されていない。階段が1〜2箇所しかなく、電車の到着時には非常に混雑する。
昼間時以外の大和路線の普通列車（JR難波方面から）の大半は当駅で折り返す。また快速列車は当駅より奈良・加茂方面では各駅に停車する。
構内に多くの電留線を備え、ポイントも多いためにポイント故障や脱線等の事故が比較的起きやすく、また大和路線と和歌山線の分岐駅となっているので、当駅で不通となると列車運行のボトルネックとなってしまうケースがある。
かつては、1番のりば（奈良方面）に売店（幕の内ではあるが駅弁も販売、時刻表にも記載されていた）、ハンバーガーショップ（ドムドム→マクドナルド。中に仕切があり、改札外からも店に入ることができた）等があったが、駅前広場改良工事にともない閉鎖・解体された。マクドナルドについては駅前再開発ビルの「りーべる王寺」地下に移転して営業を続けている。同じく1番のりば東端にはコンビニ（ハートイン）への入り口があり簡易的に改札をかねていたが、自動改札機設置に伴い廃止された。その後、同ホームには証明写真撮影機、待合室が設置された。
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